당시 박 목사는 약 60여명의 인원과 함께 서울교회에 난입했고, 이 과정에 교회 유리창과 문이 파손되고, 성도들이 다치는 등의 인명 피해도 발생한 것으로 나타났다. 특히 이 당시 함께 진입했던 인원 중에는 용역도 포함되어 있던 것으로 알려졌다. 박 목사측은 본당을 점거한 이후, 다수의 인원을 배치해, 반대파 성도들의 본당 출입을 막고, CCTV를 설치해 곳곳을 감시하는 등의 행위를 계속하고 있다.
이에 서울중앙지방검찰청은 약 1년 6개월여의 수사 끝에 박노철 목사를 포함한 사건 당사자들을 정식 기소하기에 이르렀다.
특히 이 과정에서 애초 교회 등록 청년들이라고 주장했던 인원들이 용역으로 드러나며, 관심을 모았다. 박 목사측은 용역 동원설에 대해 교회 청년들의 도움을 받은 것이라고 주장해 왔으나, 수사과정에서 해당 인원들이 스스로 용역임을 밝힌 것으로 알려졌다. 더구나 용역원들은 교인 위장을 위해 진입 이후 예배당 앞에 모여 새가족 등록카드를 작성한 것으로 확인됐다.
또한 담당검사는 박 목사측에서 용역들에 “출입문 유리창을 깨주라” “현장에서 발생하는 문제는 다 해결해 주겠다”는 등의 말을 한 것을 확인한 것으로 나타났다.
이에 검찰은 단순가담 용역원 17명에 대해서는 일용직인 점과 반성하고 있다는 점을 참고해 기소를 유예했지만, 박 목사를 포함한 핵심 4인에 대해서는 기소를 결정했다.
한편, 법원으로부터 서울교회 담임목사의 직무를 정지당한 박노철 목사를 최근 서울강남노회가 총회에 총대로 파송해 논란이 커지고 있다. 박 목사는 통합측 제104회 총회에 총대로 참석해 발언자로 나서 관심을 모은 바 있다.
이 외에도 박 목사는 총신대학원을 수료 후 통합측으로 이수하는 과정에서 청목 1년 과정을 이수하지 않았다는 지적이 일어난 바 있다. 이에 총회 헌법위는 불법이라고 해석했다.