역사적 기독교에는 황제나 제왕이 통치하던 국가교회, 또는 교황이나 감독이 통치하던 감독교회의 시대가 있었다. 종교개혁 이후 교회에 대한 그들의 통치력이 약화되긴 했지만, 지금도 일부 지역에 따라서는 국가교회나 감독교회가 유지되고 있다. 그러나 오늘날 대한민국 교회는 누구나 성경대로 믿고, 양심대로 말할 수 있는 종교개혁 이후 탄생한 자유교회에 기반을 하고 있다.

이 자유교회의 원리를 극명하게 보여주고 있는 것은 장로교의 헌법 정치 원리이다. 장로교회 정치 원리에는 제일 먼저 '양심의 자유'와 '교회의 자유'를 선언한다. "양심의 주재는 하나님 뿐이시라, 그가 양심의 자유를 주사 신앙과 예배에 대하여 성경에 위반되거나 과분한 교훈과 명령을 받지 않게 하셨다. 그러므로 누구든지 신앙에 대하여 속박을 받지 않고 그 양심대로 판단할 권리가 있으니 아무도 남의 양심의 자유를 침해하지 못한다." 또 교회의 자유는 "개인에게 양심의 자유가 있는 것 같이 어떤 교파 또는 어떤 교회든지 교인의 입회 규칙, 세례교인 및 직원의 자격, 교회의 정치 조직을 예수 그리스도께서 정하신 대로 설정한 자유권이 있다"라고 밝히고 있다. 이것이 바로 자유교회의 기본이다.

그런데 오늘날 한국교회는 이 양심의 자유와 교회의 자유가 심각히 침해 당하는 사례가 비일비재 하다. 무슨무슨 총회 또는 교단이란 이름의 교권 세력이 자기 입맛대로 교계를 지배하고, 개인의 신앙을 규제하려고 하는 것이다. 개혁주의 교회는 바로 이러한 교권의 영향을 신앙생활에서 배제하려는데 그 목적을 가진 교회이다. 다만 교인 가운데 진리와 신앙의 본분을 준수하지 않고, 또는 행위가 도덕적으로 부패했거나 악한 자에 대해서는 성경이 가르친대로 교훈하고, 그래도 교회의 가르침을 따르지 않을 때는 정한 법도에 따라 권징함이 옳다. 그러나 개혁주의 교회를 표방하는 교회에서 교권의 힘으로 개인의 신앙을 규제하려는 것은 그 본분을 넘어선 행위이다.

진리는 선행의 기초이다. 따라서 진리가 진리 되는 증거는 그 사람으로 성결케 하는 일이다. 주께서 '그 열매로 그 나무를 안다'고 하신 이유가 여기에 있다. 그럼에도 '우리 교단을 보호한다' 또는 '진리를 보호한다'는 명분하에 그리스도의 피 아래 있는 형제를 정죄하고, 복음 사역에 부름 받은 동역자를 훼방하는 자들이 있으니, 이런 자들은 양심의 자유와 교회의 자유를 억압하는 자들이다.